Добрый день. Право на вычет за покупку никакого отношения к дальнейшей судьбе квартиры не имеет. Квартиру можно продать, а вычет получить или получать в будущем. Важен сам факт приобретения жилого помещения.
Продажа квартиры по двум договорам невозможна. Возможно вы имеете ввиду две расписки. Популярна? Нет! Это нарушение закона, уклонение от уплаты налогов, соучастие в преступлении. Кроме того, сокрытие реальной стоимости сделки нецелесообразно для покупателя и поэтому наиболее осведомленная их часть предпочитает приобретать квартиры с указанием полной стоимости сделки.

Налог на любую купленную квартиру можно рассчитать и заплатить, как 13% от разницы межу ценой продажи и расходами на приобретение, в число которых налогоплательщик вправе включить не только расходы непосредственно на покупку, но и, если покупка была в ипотеку, то расходы на оплату процентов банку.
К тому же сейчас, на счастье продавцов новостроек, в НК внесены изменения, благодаря которым срок владения такой квартирой теперь отсчитывается не со дня регистрации права собственности, а со дня полной оплаты. Так что, если у Вас при покупке не была оформлена рассрочка у застройщика, то попробуйте наскрести со дня оплаты пять лет, или даже может хватить трех лет, если это жилое помещение у Вас единственное в собственности. Если получится, то налога не будет вовсе.
А "два договора" - это нарушение закона и отпугивание покупателя.

Помню. Вот кстати еще один вопрос.) Сейчас очень популярна продажа квартиры по двум договорам. Я правильно понимаю? У меня коллега так недавно купила. Если я правильно понимаю,то налог на новостройку идет от прибыли.